فرا-تحلیل داده‌های بیان ژن ورم پستان ناشی از اشریشیا کلای در گاوهای شیری

نوع مقاله : مقاله آموزشی ، پژوهشی

نویسندگان

1 دانش‌آموخته‌ی کارشناسی ارشد، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز

2 دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز

3 دانشیار بخش بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز

چکیده

هدف از انجام این پژوهش، فرا-تحلیل داده‌های بیان ژن بافت پستان برای درک پاسخ ایمنی به ورم پستان ناشی از اشریشیا کلای در گاو‌های شیری بود. داده‌های ریزآرایه ورم پستان ناشی از اشریشیا کلای از پایگاه داده‌ای NCBI بارگذاری شدند. مراحل مختلف تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار R و Bioconductor انجام شد. برای خواندن داده‌ها از بسته‌ی affy و برای ارزیابی کیفی داده‌ها از بسته‌ی arrayQualityMetrics استفاده شد. داده‌ها با استفاده از بسته‌ی affyPLM پیش‌پردازش شدند. برای تصحیح پس‌زمینه، نرمال‌سازی و خلاصه‌سازی داده‌ها به ترتیب از روش MAS.5، Quantile و Tukey bi-weight استفاده شد. ارزش P برای هر ژن در هر مطالعه با استفاده از آزمون t تعدیل شده در بسته-ی MetaDE محاسبه شد. برای فرا-تحلیل داده‌ها از بسته‌ی MetaDE و روش MaxP استفاده شد. در پایان با استفاده از نرم‌افزار Pathway Studio 2015 شبکه‌های ژنی Common regulator، Common target و Sub network برای ژن‌های معنی‌دار ترسیم شد و هستی‌شناسی آن‌ها بررسی شد. بر اساس آماره FDR حاصل از این مطالعه، 69 ژن موثر بر ورم پستان شناسایی شدند (P < 0.05)، که در بین آنها ژن‌های TLR2، CXCL2، CXCL5، AKT1 و IL1-α به عنوان ژن‌های بسیار تاثیرگذار شناسایی شدند. این ژن‌ها در متابولیسم چربی و پاسخ ایمنی علیه بیمارگرها نقش دارند. تغییر در بیان این ژن‌ها، بر فرآیند‌هایی مانند تکثیر سلولی، تمایز سلولی، مهاجرت سلولی و مرگ سلولی اثر دارند و موجب بروز پاسخ ایمنی به ورم پستان می‌شوند.

کلیدواژه‌ها

علوم و فنون دامپروری
دوره 9، شماره 34
خرداد 1399
صفحه 25-36

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار